Una colaboración recientemente publicada por investigadores de distintas universidades de Estados Unidos ha expuesto cómo las moléculas ubicadas alrededor de los bordes de la proteína “Espiga”, conocida como glicanos, actúan como puertas de entrada a la infección del coronavirus SARS-CoV-2.
La investigadora en química biofísica computacional, Rommie Amaro fue la primera en aportar una visualización detallada de la proteína “Espiga” o “espícula” del coronavirus a principios de la pandemia.
“Hemos revelado un importante secreto de la proteína espiga en su forma de infectar las células. Sin esta puerta, el virus queda básicamente incapacitado para la infección”, dijo Amaro.
Este descubrimiento hace posible que se abran nuevos caminos para contrarrestar la infección que provoca el nuevo virus, ya que si las puertas de las moléculas glicanos pudieran bloquearse farmacológicamente en la posición cerrada, se impediría de manera efectiva que el virus se abriera para entrar en infectarse.
Las simulaciones que llevaron a cabo durante las investigaciones permitieron a los involucrados desarrollar películas dinámicas que revelaban las puertas de los gicanos activándose de una posición a otra. Pudimos ver realmente la apertura y el cierre. Esa es una de las cosas más interesantes que ofrecen estas simulaciones: la posibilidad de ver películas muy detalladas.
Cuando las ves, te das cuenta de que estás viendo algo que de otro modo habríamos ignorado. Si miras sólo la estructura cerrada, y luego miras la estructura abierta, no parece nada especial. Sólo porque capturamos la película de todo el proceso se ve realmente cómo funciona”, agrega Amaro.
Si no hubiera sido por los laboratorios avanzados con los que cuenta el equipo involucrado, las técnicas estándar que llevaron a cabo habrían necesitado años para simular este proceso de apertura, sin embargo, sólo se llevó 45 días realizar este proceso.
Las simulaciones de esta investigación se desarrollaron en el Centro de Supercomputación de San Diego, en la UC San Diego y después en Longhorn, en el Centro de Computación Avanzada de Texas, en la UT Austin.
Otros colegas que se sumaron a esta investigación de la Universidad de California en San Diego, la Universidad de Pittsburgh, la Universidad de Texas en Austin, la Universidad de Columbia y la Universidad de Wisconsin-Milwaukee, en Estados Unidos. de análisis bioinformáticos y de técnicas de ultrasecuenciación masiva, que son fundamentales para entender la forma en la que estos patógenos humanos evolucionan durante la replicación viral en diferentes tejidos.
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